Комплектование фонда археологии ведётся на протяжении 40 лет. В настоящее время сформировано одно из наиболее представительных археологических собраний Югры. Археологические коллекции музея – это великолепная источниковая база, раскрывающая различные стороны изготовления и бытования предметов в древности. Благодаря этим материалам, музей имеет возможность полноценной иллюстрации всех этапов древней истории Среднего Приобья: от эпохи неолита (V-IV тысячелетие до н.э.) и до начала XX в. н.э. В собрании широко представлены все основные виды керамической и металлической посуды, орудий труда и предметы быта из камня, глины, кости и дерева. Особого внимания по праву заслуживают предметы вооружения, уникальные украшения из камня, различных металлов и сплавов, предметы культа. Несомненными жемчужинами собрания являются многочисленные предметы художественной металлопластики и средневековой торевтики.